Program Studi Diploma 3 Manajemen Transportasi (Prodi D3 MT) adalah salah satu prodi yang ada pada Sekolah Tinggi Teknologi Kedirgantaraan (STTKD) Yogyakarta yang berdiri sejak 29 April tahun 1995, berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 1330/DT/2002 pada tanggal 5 Juli 2002. Prodi D3 Manajemen Transportasi sudah terakreditasi “B” dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) sejak Tahun 2012. Membentuk tenaga terampil tingkat menengah yang akan bekerja di perusahaan industri jasa penerbangan antara lain perusahaan pengelola bandara, perusahaan penerbangan, perusahaan jasa ground handling, biro jasa perjalanan, perusahaan jasa kargo udara dan bekerja di pemerintahan.